【本館3階：人とクジラとの関わり】
太地の人々は、400年以上にわたってクジラと深く関わって生きてきました。本館3階には、人とクジラの関係の歴史に関する様々な資料を展示しています。
【本館2階：生物学的にみたクジラ】
世界の海に80種類以上いるといわれるクジラたち。哺乳類でありながら、水中生活を行うクジラの生態はいまだ多くの謎に包まれています。本館2階には、骨格標本や液浸標本などクジラの生態に関する様々な資料を展示しています。
【本館1階：大ホール】
大ホールには、太地の伝統的な捕鯨方法「古式捕鯨」を再現したジオラマが広がります。吹き抜け部分には、セミクジラやシャチなどの実物全身骨格標本を吊り下げ展示しています。
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